Soms kan de vrijkomende baggerspecie direct worden toegepast in civieltechnische werken. De kwaliteit van bagger moet dan wel passen binnen de voorwaarden die in het Bouwstoffenbesluit worden gesteld. Werken waarin bagger verwerkt zou kunnen worden zijn oevers en kaden, wegophogingen, dijkbekledingen, (natte) natuur, geluidswallen of afdekken van voormalige stortplaatsen. Recent is onderzoek gedaan naar de mogelijkheid om verontreinigde bagger te verwerken in terpen. Meer informatie hierover is te vinden op de website Terpen van Baggerspecie.
Door zandwinning zijn diepe putten ontstaan (Vlietlanden, Valkenburgse Meer). Door de steile oevers van de plassen te veranderen in een brede, ondiepe zone kan zich een rijker een evenwichtiger ecosysteem ontwikkelen. Bij de realisering van de oeverzones kan bagger worden gebruikt. Een combinatie met de doelen die vanuit de Kaderrichtlijn water gesteld zijn is mogelijk. De ondiepe oeverzone heeft een breedte van ongeveer 80 meter en een maximale diepte van ongeveer 4 meter. De overgang naar het diepe gedeelte verloopt geleidelijk. Een belangrijke voorwaarde is het behoud of de ontwikkeling van de functies recreatie, zwemwater en waterberging. Meer informatie is te vinden in de nota van Rijnland over het Beleid Diepe Putten (pdf) .
Hoogteverschillen binnen één polder of binnen één peilvak (een gebied waarbinnen een bepaalde waterhoogte wordt aangehouden) maken lokale bemalingen noodzakelijk. Het waterbeheer kan eenvoudiger wanneer de lager gelegen delen van een polder of peilvak opgehoogd worden. Daarbij kan gebruik gemaakt worden van bagger die vrijkomt uit de aanliggende watergangen (hiervoor geldt de ontvangstplicht van de eigenaren), waar nodig aangevuld met bagger uit de omgeving. Ook peilverlaging als gevolg van inklinking kunnen door ophoging van de percelen worden voorkomen. De oplossing lijkt dus gunstig voor zowel de gebruikers van de landbouwgronden als de beheerders van het watersysteem.
