De Goudse binnenstad neemt in het watersysteem een bijzondere plaats in. Tot 1941 maakten de stadswateren gewoon deel uit van de Rijnlandse boezem. Met de ingebruikname van de Ir. De Kock van Leeuwensluis was dat verleden tijd. De reden om de sluis te bouwen lag in het feit dat in de zomerperiode relatief schoon water via het boezemgemaal in Gouda (het gemaal Mr. P.A. Pijnacker Hordijk) binnengelaten moet worden om de boezemstand op peil te houden en het boezemwater te verversen. Om er voor te zorgen dat dit binnengelaten water ook inderdaad doorstroomt naar het noorden, moet het boezempeil tot 0,50 m. NAP worden opgemalen. Aangezien de Goudse binnenstad gedeeltelijk aanzienlijk lager ligt, zou Gouda in de zomer regelmatig onder water komen te staan. De enige oplossing was het aanbrengen van een sluis tussen de Goudse boezem (met een peil van 0,70 m. NAP) en Rijnlands boezem (met een stand van 0,60 m. NAP, met uitschieters naar 0,50 m. NAP).
De aanleg van de Ir. De Kock van Leeuwensluis had echter ook twee nadelige gevolgen. Het grootste nadeel betrof de waterkwaliteit van de stadswateren. Al eeuwenlang is de kwaliteit van de Goudse stadswateren een zorgenkind. In de 18e eeuw was het niet veel meer dan een open riool. De enige manier om het water enigszins schoon te krijgen was door op het juiste moment de sluizen en duikers naar de Hollandse IJssel open te zetten en zo het vervuilde water naar de Gouwe af te voeren. Omdat het peil van de Gouwe sinds de ingebruikname van de Ir. De Kock van Leeuwensluis hoger staat dan het peil van de stadsboezem, was dat geen optie meer. De enige manier om het stadswater te verversen was door het schoon water via de Havensluis en een tweetal eeuwenoude duikers in te laten en het vervuilde water via het Mallegatgemaal uit te malen op de Hollandse IJssel.
Het tweede nadeel betrof het peilbeheer. De Goudse binnenstad bestaat voor meer dan de helft uit verhard oppervlak. (straten, pleinen, daken). Bij overvloedige regenval steeg het peil in de stadsboezem dan ook snel, omdat het water niet meer direct naar de Gouwe stroomde. En het water kwam ook niet in het riool terecht, om de simpele reden dat er toen nog geen riolering was. Het regenwater liep via de straatkolken direct de grachten in. Pas in 1967 ontwikkelde de gemeente, in samenwerking met Rijnland, de eerste plannen om de Goudse binnenstad van riolering te voorzien. In het begin van de jaren tachtig bleek dat het Mallegatgemaal en een tweetal tijdelijke pompinstallaties tezamen niet voldoende capaciteit hadden om het water bij overvloedige regenval tijdig te kunnen afvoeren, vooral niet als de poldergemalen Reeuwijk en Willens ook nog polderwater op de stadsboezem uitmaalden.
De oplossing waar Rijnland voor koos was het aanleggen van nog een stadsboezemgemaal, het gemaal Hanepraai. Met de aanleg van dit gemaal is het probleem opgelost. Er is nu voldoende capaciteit beschikbaar om grote hoeveelheden regenwater te verwerken en het gemaal maakt het beter mogelijk het stadsboezemwater te verversen.
