Het gebied Aar en Meije ligt in het oosten van Rijnland. Langs de Oude Rijn bevinden zich veen- en kleipolders. In het zuiden en het oosten van het gebied bevinden zich respectievelijk de diepe droogmakerijen Polder de Noordplas en Polder Nieuwkoop. Daarnaast zijn er enkele veenplassem waaronder de Nieuwkoopse Plassen. Dit is een wettelijk beschermd gebied (Vogel en Habitat Richtlijngebied), evenals De Wick. Bij Alphen aan den Rijn is de diepe put Zegerplas. De Veender- en Lijkerpolder is een waterrijk gebied. Door het gebied loopt een aantal boezemwatergangen die voor de aan- en afvoer van het water in het gebied zorgen.
Meer informatie over de Kaderrichtlijn Water in Aar en Meije is te vinden in de folder Gezond water én veiligheid in Aar en Meije (pdf) . In juni 2007 is de folder uitgekomen over de strategie voor gezond water en veiligheid in Aar en Meije. (pdf) In september is er in het kader de Europese Richtlijn Water een gebiedsdocument voor Aar en Meije (pdf) gepubliceerd.
